曾文溪所帶的大量砂石往台灣西海岸送去，數千年來扮演著台灣自然造地的角色，使得西海岸不斷地擴張出新生的海埔地，這些由海埔新生地所得來的濕地飽含水份，容易發生「土壤液化」現象，也就是說在遭受到震撼（地震）時，會使水份流出，造成土壤塌陷，建築物傾倒。美國地質學家史考特說：「神戶與大阪都是港市，許多港口設施都是建築在海岸濕地的填地上，所以土壤液化很可能帶來碼頭與港口的損害」。

        美國地球物理學家葉爾斯沃斯也說：「由海裡填土的人造土地容易產生土壤液化」。

         濱南工業區的開發就是構建在七股濕地上，而它的抽沙填海造地，形同在陸上進行深基礎開挖工程，極可能引起土壤失水，並肇致地盤下陷，使得沿海各鄉鎮土地陷至海平面以下；由於七股地區本身就屬於台灣地區地層下陷幾個最嚴重的區域之一，根據省水利局的調查，從1988年至1993年五年間，共下陷了十七公分。因此濱南工業區的開發，將使地層下陷的現象加劇。此外，它的抽沙填海造地與工業專用港工程，也將使海岸地形、潟湖生態與功能產生嚴重的變化：

• 濱南工業區專用港興建後，因其防波堤外伸至離岸約3公里處，將影響當地海域既有波浪及漂沙特性，且對台南縣海岸地形穩定及生態環境平衡產生重大衝擊。此外，濱南工業區的興建，除了會攔阻將軍溪與曾文溪等河川對海岸的輸沙外，其所構築的防波堤，亦將造成波浪反射、折射及繞射現象的改變，使部份地區的波浪能量更為集中，導致目前以每年二至三公尺後退的七股海岸更加速侵蝕。其中，在凸堤南方的海岸將加速沖刷流失，尤其當颱風暴潮來襲時，將可能使南七股至曾文溪口海岸大量沖刷流失，波及當地十份村與三股村的安危，造成無法挽回的國土流失浩劫。
• 王爺港汕、青山港汕、網子寮汕及頂頭額汕等離岸沙洲羅列，是台南縣海岸的特色，這些沙洲可遮擋入侵的波浪，減低波浪的能量，成為台南縣海岸的最佳天然屏障；但近年來，因河川輸沙減少及沿岸漂沙補充不足，各沙洲大多有南移及蝕減的現象，若有不當的開發改變海岸環境平衡狀態時，勢必加速上述離岸沙洲的不安定性。而濱南工業區因位於青山港汕與網子寮汕之間，故其鄰側的沙洲將因漂沙供輸中斷及波浪特性的改變，而有加速蝕減之虞。當離岸沙洲消失後，將使得原先擁有天然屏障的七股海岸直接暴露在海浪的攻擊下；而北岸的青山港及中心漁港航道將面臨阻塞淤淺，無法使用。
• 網子寮汕與海岸線間形成的潟湖，是台灣地區碩果僅存，兼具完整性、自然性與代表性的潟湖，不僅具有重要的生態功能，在生態教育與學術研究的價值亦是無可替代。網子寮汕、潟湖與鹽田所組成的海岸濕地生態系，已合乎國際濕地公約（RAMSAR）規範的國際重要濕地劃設標準，故濱南工業區的開發，不但破壞了台灣地區僅存的獨一無二可供國人共享的完整潟湖海岸，且將這塊可列名國際重要濕地、可提升國家形象的重要敏感地區弄得面目全非。
• 海岸濕地具有防洪、調節洪水及防止海水倒灌等功能，而濱南工業區佔用了大量濕地，將使得台南縣海岸濕地的排洪與洩洪功能遞減，增加台南縣海岸洪泛溢淹的機率。此外，濱南工業區為求自保，將填土墊高基地至海平面以上4.8公尺，造成排水不良，導致沿海其他地區飽受淹水之苦。由於該地區為七股、佳里、西港、麻豆的區域排水匯流的水域，包括七股溪、三股溪及西寮排水均注入潟湖，若填高4.8公尺，將出海口堵死，必然會造成水患，如同雲林麥寮一般。