依照行政院環保署委託學術單位的調查結果來看，整個濱南工業區的預定地都屬於生態敏感區以及生態緩衝區，且為台灣重要的潟湖。在台南縣政府的綜合發展計畫中，也已將台十七號公路以西沿海一帶，劃定為生態敏感區，以保育、遊憩或低度開發為主，並主張開發宜以低污染、高科技產業為優先，或發展觀光遊憩以促進地方繁榮。台南縣政府在濱南開發案審查過程中的態度，已經明顯的背離其所擬定的「台南縣綜合發展計畫」，而高耗水、高污染的濱南工業區將與台南科學園區發生用水與生活環境品質互相抵觸的矛盾，未來台南縣的定位在那裡？