黑面琵鷺保育工作受到重視，與七股工業區開發計畫區位恰巧與黑面琵鷺主要棲息地重疊有相當大的關聯，而當時發生的槍擊事件更引發國際社會的關切，丁文輝、翁義聰、郭忠誠與郭東輝等人更進一步提出「劃設黑面琵鷺過冬保護區」的建議。

        1992年7月1日，農委會依據《野生動物保育法》公告黑面琵鷺為瀕臨絕種保育類野生動物，但對於黑面琵鷺棲息環境與保護區的劃設，在往後的數年間，卻呈現各級政府與民意機關都有「應該劃設保護區」的共識、但難以定案的狀態。

        過程中，保育團體建議的棲息環境與保護區劃設範圍相較於台南縣政府與七股鄉公所的版本，少了新浮崙汕及曾文溪北岸高灘地，多出了台南師範學院預定地及西濱快速道路以西、主棲地以西的縣有東漁塭區部分，其中，東漁塭區部分是爭議的焦點，保育團體認為東漁塭區是黑面琵鷺主要覓食區，縣政府則基於東漁塭區承租漁民的壓力，拒絕將東漁塭區納入範圍。至於，新浮崙汕及曾文溪北岸高灘地則因非黑面琵鷺主要覓食區，爭議不大。

        20002年1月9日，甫就任縣長的蘇煥智即著手處理這個燙手的問題，提出新版的棲息環境與保護區劃設計畫，將新浮崙汕及曾文溪北岸高灘地排除在外，納入保育團體主張的東漁塭區，而棲息環境與保護區範圍則由保育團體主張的1,200公頃，減少為634公頃。此一新版計畫獲得農委會、學者與保育團體的認同，也使得爭議多年的保護區劃定問題終於塵埃落定。

        1月14日，農委會野生動物諮詢委員會原則同意台南縣政府提案，並授權農委會就台南縣政府修正後的保育計畫書予以審核後，函請台南縣政府公告。

        10月14日，農委會公告「台南縣曾文溪口黑面琵鷺野生動物重要棲息環境」，其公告範圍以七股新舊海堤內的縣有地為主，北以舊堤堤頂線上為界定，南至河川水道治理計畫用地範圍線以內，東以台南師範學院預定地界址樁為界線，西為海堤區域線以內（含水防道路），含四號（原一號）、一號（原二號）及二號（原三號）水門。面積634.4344公頃。

        11月1日，台南縣政府公告曾文溪口北岸海埔地為黑面琵鷺保護區。面積300公頃。

        為了避免衝擊東漁塭區的漁民權益，台南縣政府讓原佔墾漁民可重新辦理登記承租，以落實合法契約關係，放棄耕作者可將土地釋回縣政府，由縣府經營管理。部分養殖戶因轉任「黑面琵鷺巡守隊」工作，變成保育黑面琵鷺的前鋒。

        在棲息環境與保護區範圍設定後，台南縣政府也著手推動一系列的工作：提升旅遊品質、營造棲地環境與加強生態研究等。期間，雖有發生在2002年12月的黑面琵鷺肉毒桿菌毒素中毒事件，造成73隻黑面琵鷺的死亡，但也促成縣政府加強黑面琵鷺渡冬期間的安全維護措施。

◎提升旅遊品質

        台南縣政府為了提升生態旅遊品質，從提供優質解說服務與改善道路交通系統切入：闢建四座生態式賞鳥亭、延長與拓寬173號縣道、興建隱蔽式公園停車場、爭取興建「黑面琵鷺保育管理中心」。其中，賞鳥亭在完工後，於2004年8月委託給台南縣黑面琵鷺保育學會、台南縣野鳥學會、台南縣黑琵家族野鳥學會等保育團體認養，提供生態解說服務。

        2005年11月28日，黑面琵鷺保育管理中心舉行揭牌典禮。待「黑面琵鷺研究中心」完成後，這兩個中心將負起七股地區生態保育、教育、展示及旅遊服務等責任。

◎營造棲地環境

        台南縣政府在公告黑面琵鷺保護區後，成立黑面琵鷺保護區巡守隊，負責保護區及週邊的安全維護，2002年12月黑面琵鷺中毒事件後，巡守隊員也由6名增加到16名。除了棲地安全的巡守外，改善棲地水質、增加棲地魚群總量，也都成為避免再度發生中毒事件的重要工作。

◎加強生態研究

        在農委會與台南縣政府的支持下，已執行數十項與黑面琵鷺有關的生態研究，包括棲地環境調查與監測、黑面琵鷺基礎資料記錄與分析、保護區管理與維護等，為黑面琵鷺生存環境提供施政與管理上的依據。