專案小組結論之後，不到四十八小時。1999年12月17日14時30分，環保署召開「環境影響評估審查委員會第六十六次會議」，以臨時提案方式有條件通過濱南案的環境影響評估審查，並就濱南案專案小組的建議結論進行部份文字修正，修正後的結論包括27項應辦事項，8項應補正或修正意見，以及9項附帶決議：

• 本案有條件通過環境影響評估審查，開發單位應依下列事項辦理：
  • 為顧及海岸穩定及生態資源保存，不應抽取規劃錨泊區海中沙脊之砂源。
  • 因本計畫造成之海岸沖淤、河川侵蝕、港口阻塞之補救、補償（賠償）措施均應由開發單位負責辦理，並應對七股潟湖外之沙洲進行整體保護。
  • 應針對本計畫開發後造成青山港之淤積提出因應對策，並應與漁業單位協商處理對策。
  • 工業專用港之開發，應由工業主管機關另案實施環境影響評估，依法定程序送審。
  • 本計畫產生之廢（污）水不得排入潟湖。
  • 本計畫開發規模龐大，並涉及填海造地工程，對海洋生產力、生態將造成影響，為減輕本計畫對海岸及生態之衝擊，開發單位應以分期分區方式進行開發，且開發初期為興建港灣之需要，最多使用百分之五之潟湖面積外（並需維持北潮口之暢通），餘潟湖面積暫不得使用。
  • 本計畫之開發及營運階段對潟湖生態有所影響部分，應有具體減輕及避免措施。
  • 潟湖之保護應由開發單位訂定計畫（含相關經費之支應）執行，該計畫應送本署會同行政院農業委員會核定後，據以執行。
  • 應持續監測地下水補注及地下水位下降之相關影響，並禁止抽取地下水。
  • 有關海水淡化廠設置乙節，應依環境影響評估法規定，另案提環境影響評估。
  • 本開發計畫對青山港周界之大寮排水之影響，應訂定因應對策，據以執行。
  • 南部地區水資源開發計畫至民國九十五年前，政府每日最多僅能提供本計畫八萬噸用水，開發單位應配合建廠計畫，訂定具體之用水計畫及因應對策。
  • 開發單位應配合政府於「能源會議」後就二氧化碳排放量所做之政策，對於所設定之總量目標、排放特性、減量成本等，以及相關工業部門之減量時程與實施方向，訂定分期分區建廠計畫據以執行。
  • 應採用最佳清潔生產製程，以減低二氧化碳及污染物排放量。
  • 污染物之排放，除應符合環境保護法規外，應另就其對環境之影響，提出因應對策。
  • 事業廢棄物應區分有害及一般，自行分類回收處理。
  • 應就空氣污染物之排放對鄰近古蹟及台南科學園區之影響，提出因應對策，據以執行。
  • 本計畫應實施空氣污染總量管制計畫，該污染總量應以環境影響評估審查核定者為準；該空氣污染總量管制計畫應另送本署核定。
  • 開發單位應訂定監測計畫持續監測黑面琵鷺之生態影響，並對可能不利之影響訂定因應對策，據以執行；該監測計畫及監測結果應送本署核備。
  • 有關漁業權損失補償部分，應依漁業法相關規定辦理。
  • 開發單位應依台南縣政府設立之「漁業補償協調委員會」所作結論，辦理漁業補償事宜，並應充分尊重當地漁民意見，且在協調未獲共識前，開發單位不得動工。
  • 本案開發區域涉及多處海防班哨，開發單位應提供適當土地，並以「代建代拆」、「先建後拆」方式辦理班哨及營防設施之遷建，俾利海防任務庚續遂行，以維護國防安全。
  • 本計畫若涉海岸管制區等軍事管制區，開發單位應於施工期間依作業規定提出申請，始可進入施工。
  • 本計畫開發完成後，如需調整海岸管制區事宜，應向國防主管機關申請。
  • 開發單位應就施工、營運期間訂定防災計畫，範圍應含陸地及海域，另應考量土壤液化之風險，加強各項建物及其他設施之安全設計。
  • 應於施工前依環境影響評估報告書內容及審查結論，訂定施工環境保護執行計畫，並記載執行環境保護工作所需經費；如委託施工，應納入委託之工程契約書。該計畫書或契約書，開發單位於施工前應送本署備查。
  • 開發單位取得目的事業主管機關核發之開發許可後，逾三年始實施開發行為時，應提出環境現況差異分析及對策檢討報告，送本署審查。本署未完成審查前，不得實施開發行為。
• 以下意見應補正、修正，經專案小組委員、專家學者討論確認後，納入定稿，送本署核備：
  • 潟湖使用比率及開發規模之調整結果。
  • 環境調查及評估項目應由實際綜合評估者及影響項目撰寫者具體列名簽字。
  • 應明確述明溝通之對象是否已溝通。
  • 因本計畫造成之海岸沖淤、河川侵蝕、港口阻塞之補救、補償（賠償）措施，應提出可行之財務計畫。
  • 水質水理影響因子與潟湖生態系統之交互影響，應再加以評析，並提出因應對策。
  • 海岸淤積、侵蝕之演算範圍，應含括急水溪口至曾文溪口。
  • 海域生態監測項目應增列頂蛇鰻。
  • 應提出本計畫所造成之非點源污染之收集處理方式。
• 附帶決議：
  • 台南縣政府承諾將在通過環評確定開發範圍後，協調籌組「漁業補償協調委員會」處理相關事宜。
  • 建請經濟部水資源局就供水計畫執行過程，應考量季節性、地區性及各用水標的間之影響等妥為處理，並以民生用水為第一優先。
  • 建請經濟部水資源局應與地方政府協商水源之調配。
  • 建請經濟部水資源局應考慮枯水期調配水源之優先順序，尤應注意台南縣農業用水之需求影響。
  • 於民國九十五年以後南部地區水資源總量及各項預計水源開發計畫，包括美濃水庫、旗山越域引水計畫及玉峰堰等，仍具有許多不確定性，建請經濟部水資源局妥善處理供水問題。
  • 水資源為南部地區民生及工商業發展之限制條件，對於南部目前工業區開發趨勢，以及濱南開發案是否符合南部地區永續發展之原則，建請經濟部應加以衡量。
  • 建請工業主管機關於後續申請工業專用港開發時，應就縮短防波堤，減少航道深度、縮小港區規模等加以考量。
  • 空氣污染及二氧化碳之排放總量，應分期核定。
  • 本案後續之環境影響評估監督作業，應成立監督委員會為之，監督時，尤應注意海岸沙洲、潟湖之保護。