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至此，十個議題已在過去的專案小組初審會議中完成討論，緊接下來的就是綜合討論，把歷次會議中保留到綜合討論的議題再「拿出來討論」，也把歷次會議的結論來個確認。
以濱南案的環評過程來看，環評委員與機關團體代表能講的，能要求的，都已經講了，要求了；而開發單位想補正的，不想補正的，都已經差不多了。因此，綜合討論會場的情境就不難想像了。
為了節省篇幅，除了特別把「濱南工業區開發計畫第二階段環境影響評估專案小組第十四次初審會議」決議有條件通過環評的發言紀錄另行呈現出來供作歷史評鑑外，其餘的會議，我就只把會議結論確認的事項依序紀錄下來，至於確認內容與初審會議結論相同者，已於初審會議結論中標示，不再重複。
◎綜合討論（第九次初審會議。1999.7.23）
- 本次會議先就專案小組歷次初審會議結論進行討論；有關「區位替代」及「工業專用港替代」部分，因涉及其他議題，暫不討論。
- 「海岸沖刷」及「潟湖」部分，已確認事項如下：
- 調查及評估應按項目由評估人具體列名簽字。（餘略，詳參「海岸沖刷與潟湖」）
◎綜合討論（第十次初審會議。1999.8.12）
- 第九次會議確認事項六、「海岸開發計畫應採迴避…1.為顧及海岸穩定及生態資源保存，不宜抽取規劃錨泊區海中沙脊之砂源…」修正為「海岸開發應採迴避……1.為顧及海岸穩定及生態資源保存，不應抽取規劃錨泊區海中沙脊之砂源…」。
- 「用水及排水」及「對台南科學園區之影響」部分，確認事項如下：（略，詳參「用水計畫」、「對南科之影響與排水」）
- 「二氧化碳排放及公害防治」及「酸雨」部分，確認事項如下：（略，詳參「二氧化碳排放及公害防治與酸雨」）
- 「黑面琵鷺及自然保育」及「漁業及其他」部分，確認事項如下：
- 有關「黑面琵鷺保育」部分，請台南市野鳥學會提供資料，與其他議題結合一併審查。
- 本案開發區域涉及多處海防班哨，請開發單位對影響班哨功能遂行之哨所，提供適當土地，並以「代建代拆」、「先建後拆」方式辦理班哨及營防設施之遷建，俾利海防任務庚續遂行，以維護國防安全。若有涉及海岸管制區等軍事管制區，請開發單位於施工期間依作業規定提出申請，始可進入施工。開發完成後，再行檢討辦理調整海岸管制區事宜。
- 台南縣政府承諾將在通過環評確定開發範圍後，協調籌組「漁業補償協調委員會」處理相關事宜。（餘略，詳參「黑面琵鷺及自然保育與漁業及其他」）
◎綜合討論（第十一次初審會議。1999.08.26）
- 有關「區位替代」及「工業專用港替代」部分，因涉及其他議題，仍暫不討論。
- 因本案造成之海岸沖淤、河川侵蝕、港口阻塞之補救、補償（賠償）措施均應由開發單位負責辦理，「並應提出可行之財務分析」。其中有關「財務分析」提出之時機，保留至後續之專案小組初審會議決定。
- 「海岸沖刷」及「潟湖」部分，確認事項如下：（略，詳參「海岸沖刷與潟湖」）
- 「用水及排水」及「對台南科學園區之影響」部分，確認事項如下：（略，詳參「用水計畫」、「對南科之影響與排水」）
- 「黑面琵鷺及自然保育」及「漁業及其他」部分，確認事項如下：（略，詳參「黑面琵鷺及自然保育與漁業及其他」）
- 附帶決議：
- 有關漁業權損失補償部分，應依漁業法相關規定辦理。
- 本案專案小組第九次及第十次初審會議結論中，開發單位待釐清或補正資料項目請承辦單位發函開發單位限期補正。
1999年9月2日，環保署依專案小組第十一次初審會議結論發函給開發單位，請依《環境影響評估法施行細則》第十四條規定，於文到40天內釐清或補正下列項目：
- 在儘量不使用潟湖為原則，本計畫之開發及營運階段對潟湖生態有所影響部分，應有具體減輕及避免對策。
- 海岸變遷模擬模式應經現有地形之驗證，方可推估未來海岸變化狀況。另外，減輕及因應對策之成效（包括颱風、暴潮及波浪影響推估），亦應評析。
- 本計畫應對縮減防波堤、減少航道深度、縮小港區規模等提出替代方案。
- 應補測近岸水深五米以內之地形資料。
- 在「建議開發計畫以儘量不使用潟湖為原則」下，使用潟湖面積低於23%之方案。
- 由於濱南工業區用水量高達30萬噸∕日，雖開發單位提出多項供水風險之限水緊急應變措施，包括設置大型貯水設施、海水淡化廠及制定枯旱時期節約用水與限水生產計畫。但對於農業、其他工業及環境造成之影響應納入評估。
- 開發單位分開設置兩座海水淡化廠是否合宜，以及針對當地海水水質之海水淡化處理技術之可行性，應加以探討。
- 應補充評估合計因開發引致當地發展及整體區域發展後之需水量。
- 請比較評估本開發計畫30萬噸用水量之產值（供飲用及其他使用）。
- 水價調昇對開發計畫之衝擊。
- 評估供水方案不同用水量之開發風險率與開發規模之關係。
- 分析比較排水渠道（大寮大排）現況及改道後之轉折及排水能力。
- 排水渠道改道後及大寮大排疏洪道引入工業專用港內，是否可能造成青山港及工業專用港淤積，請開發單位詳細釐清。
- 本計畫其二氧化碳排放量對環境之影響，應配合政府「能源會議」後就二氧化碳排放量所做之政策，對於所設定之總量目標、排放特性、減量成本等，以及相關工業部門之減量時程與實施方向，應加以評估。
- 對於「能源會議」中所設定之二氧化碳總量目標之評估，開發單位就二氧化碳排放管制之措施，包括目標、方法、進度、清淨能源、清潔生產技術以及企業之經營面等，提出具體對策及方案。
- 本計畫應另外採用推估模式預測性物質排放所造成酸雨問題；並就當地酸雨形成之成因（30%區外及70%當地所引起），及對當地與下游地區之影響加以評估，並提出因應對策。
- 潟湖開發程度及仔稚魚對漁業的關聯性也應納入考慮。
- 漁業產業（產值）的關聯性應再重新計算或修正。
- 高空風向與十米高處之觀測風向可能有差異、高空擴散與低空風速模擬資料是否吻合、兩次之高空資料可能不足，應收集更完整之氣象監測資料，包括不同層面高度之風速及風向，以評估對台南科學園區之影響。
- 空氣擴散模式及水體擴散模式之適用性及參數選用是否正確，請開發單位以書面方式詳細補充資料提供參考。
- 在漁業補償方面，對七股當地漁業的瞭解，除了漁業年報之外，應以七股地區實地調查為主，同時提供最新調查資料。
- 補償作業應以協調機制、執行與保證機制的建立及其可行性最為重要。並將對漁民賠償的年限（餘命表）、價格效應及輔導漁民轉業的機制均應一併納入考慮。
◎綜合討論（第十二次初審會議。1999.10.13）
- 補正資料第一項「在儘量不使用潟湖為原則，本計畫之開發及營運階段對潟湖生態有所影響部分，應有具體減輕及避免對策」、第二項「海岸變遷模擬模式應經現有地形之驗證，方可推估未來海岸變化狀況。另外，減輕及因應對策之成效（包括颱風、暴潮及波浪影響推估），亦應評析。」及第五項「在『建議開發計畫以儘量不使用潟湖為原則』下，使用潟湖面積低於23%之方案。」仍留待下次會議繼續討論外，其餘項目之補正資料洽悉。
- 以下項目請承辦單位發函開發單位限期補正。
- 潟湖生態的模擬應儘量引用最新發展之模式或軟體，以及各項最新取得的參數值資料。建議可再利用NETWRK等軟體，將生態系中之能量傳遞來作分析。
- 應重新模擬海岸地形變遷，並提出減輕對策。
- 應再評估抽砂造地對環境之影響，以及不抽取海砂之對策。
- 應預測評估因抽砂填海造成土壤液化之潛在可能性，並提出因應對策。
- 應說明本計畫區高空風向是否與地面風向一致，以及風場資料來源。
- 應說明本計畫採用ISC模式模擬之適用性，以及應增加水質模式中對溶氧（DO）的考慮因素（如光合、硝化作用等）。
- 應增列潟湖中具經濟價值之仔稚魚種個體數量（尾數）之比例等資料於報告書中。
- 有關海水淡化廠設置乙節，應依環境影響評估法規定，另案提環境影響評估。
◎綜合討論（第十三次初審會議。1999.11.22）
- 八十八年一月二十九日專案小組會議已就「用水」議題討論，並獲有關結論，並經八十八年八月十二日專案小組第十次會議討論確認。另「海水淡化」廠之興建，已於十月十三日第十二次專案小組決議，應另案實施環境影響評估。
- 為顧及海岸穩定及生態資源保存，不應抽取規劃錨泊區海中沙脊之砂源。
- 應考量土壤液化之風險，並加強各項設施之安全設計。
- 台南縣政府未來運作「漁業補償協調委員會」，應充分尊重當地漁民意見，且在協調未獲共識前，開發單位不得動工。
- 因本案造成之海岸侵蝕，均應由開發單位負責處理，且應對七股潟湖外之沙洲進行整體之保護。
- 潟湖之保護應由開發單位訂定計畫（含相關經費之支應）執行。
- 本案應實施空氣污染總量計畫，該污染總量應以環境影響評估審查核定者為準。
- 黑面琵鷺之生態影響應持續監測，並對可能不利之影響訂定因應對策。
- 開發單位應自即日起一個月內補充下列資料：
- 水質之懸浮固體對藻類、牡蠣及動物性浮游生物之影響，應再補充資料。
- 生態模擬之模式應用，請參考專家學者之意見補充。
- 港區面積及配置（含船席）應就海岸衝擊、生態等加以調整。
- 本案後續審查（含潟湖使用比率、開發規模等），將由專案小組委員、專家學者至現地勘察並召開會議審查決定後提委員會審查核定。
- 附帶決議：建議相關主管機關儘速就「黑面琵鷺」之保育問題，依法定程序劃設保護區加以保護。
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