1997年12月30日，經濟部工業局依《環境影響評估法》第十三條規定，將開發單位編製的濱南案環評報告書（初稿）以及工業局於1997年12月8、9日辦理的現場勘察及聽證會紀錄函送給環保署，經環保署初審後，於1998年2月9日函請開發單位補正資料，並請其依環境影響評估書件審查收費辦法繳交審查費。

        2月18日，開發單位繳交審查費。依環《境影響評估法施行細則》第十五條規定，這一天就是《環境影響評估法》第十三條所規定的第二階段環境影響評估審查期限的起算日。

        2月27日，環保署函送濱南案環評報告書給各機關團體，並徵詢環境影響評估審查委員會專案小組成員的意見，經彙整專案小組成員的意見及開發單位的補正說明後，環保署初步決定將濱南案環境影響評估分成六項議題進行討論；然而在分組消息曝光後，蘇煥智於3月19日發函建議環保署將討論議題增為十組，後經環保署與三位專案小組召集人會商後，接受了蘇煥智的建議。

        這十項議題包括「區位替代」、「工業專用港替代」、「海岸沖刷」、「潟湖」、「用水及排水」、「對科學園區之影響」、「二氧化碳排放及公害防治」、「酸雨」、「黑面琵鷺及自然保育」及「漁業及其他」。