當轉酯反應後產製之生質柴油與甘油分離後，先以酸中和殘餘之催化劑，並將轉酯化過程中產生之皂予以分離成游離脂肪酸與可溶性鹽類（Soluble salt），如圖5-6-1所示。然後以真空瞬間式（Vacuum flash）或降膜式（Falling film）蒸發器（Evaporator）移除過量之醇，再以溫水反覆洗滌除去殘留之催化劑、皂、可溶性鹽類、醇與游離之甘油等，最後再以真空瞬間蒸發程序（Vacuum flash process）除去洗滌用水。水洗前之中和程序，不僅可以減少水洗之用水量，且可減少水洗階段形成乳膠（Emulsion）之可能。（National Biodiesel Board, 2002）