甘油是生質柴油製程之副產品，含有過量之醇、未反應之催化劑與皂，價值低且處理難度高，而殘餘之甲醇更使得此時之甘油被認定為有害廢棄物（Hazardous waste），因此甘油純化之第一步驟，得先加入酸予以中和，將其中之皂分離成游離脂肪酸與鹽類（Salt），如圖5-6-1所示。分離之游離脂肪酸脂因不溶於甘油而浮在表面，直接予以移除，而產出之鹽類或留在甘油中或經沉澱移出作為肥料（Fertilizer）用途。至於甘油內殘留之過量醇，則採快速蒸發法（Flash evaporation technique）或蒸餾法（Distillation）移除，此時甘油之純度約為80~88%左右，可當作粗甘油（Crude glycerin）售予甘油之精煉業者（Glycerol refiner），若純化之程序可以再改進，如採用真空蒸餾法（Vacuum distillation）或離子交換法（Ion exchange processes），則甘油之純度可以提高至99%或更高，已可直接在化妝品或藥品市場消售。（National Biodiesel Board, 2002）

圖5-6-1 皂與酸之中和反應