當甘油與生質柴油分離後，殘留於甘油與生質柴油之過量醇常以快速蒸發法（Flash evaporation technique）或蒸餾法（Distillation）移除。當然，也有一些系統在甘油與生質柴油分離前，即先行中和（Neutralize）。惟不管先行中和，或直接分離甘油與生質柴油，移除之過量醇應以蒸餾設備回收再利用，並確保水分不會進入回收之醇。（National Biodiesel Board, 2002）