轉酯化反應前，先利用攪拌器（Agitator）或混合器（Mixer）將催化劑溶解於過量之醇中，然後再將混合之醇與催化劑混合液加入油脂中，並於添加過程中攪動反應物，使反應物充分混合，以便啟動轉酯化反應。至於轉酯化之反應溫度與壓力，應避免醇之損失，並注意所用醇之沸點，一般而言，習用之轉酯化製程均保持在大氣壓力附近，以避免醇之損失，而反應溫度可略高於醇之沸點以加速反應之進行，但常見維持於室溫下反應者。（National Biodiesel Board, 2002）