國光石化計畫環境影響評估遭到質疑與挑戰，超乎預期。

        2010年9月16日，聯合晚報透露，經濟部長施顏祥於於15日面見總統馬英九，報告國光石化計畫的推動狀況。報導引述有關人士的話指出，政府推動國光石化計畫的基本態度不變，但是基於環境負荷考慮，國光石化計畫可能只有第一期計畫，第二期計畫必須喊卡。

        2010年10月23日，傳出經濟部提送的「石化工業政策評估說明書」將乙烯產能從650~700萬噸，降為550~650萬噸。調降乙烯產能目標分成客觀版及保守版，不論是哪一個版本，都維持兩大觀點，一是乙烯自給率要保持在九成以上，二是國內需要維持中油與台塑雙軸石化發展體系。

        2011年2月11日，環保署舉辦「石化工業政策評估說明書」公聽會，經濟部「石化工業政策評估說明書」結論顯示，綜合環境、社會與經濟層面影響，乙烯產能以659萬公噸最佳。

        綜合來看，國光石化計畫還有第一期、甚至一期半的空間，與施顏祥面見馬英九後，傳出的說法是一致的。

        延續過去以來的「操作習慣」。

        2010年12月3日，專案小組第3次初審會議出現「開發單位應再就本計畫對生態環境影響及健康風險...等議題（特別是外部成本與衍生產值效益）做綜合檢討，調整開發規模與內容，或提出替代方案後再送本專案小組審查。」的結論。

        2010年12月8日，環保署長沈世宏開口了，沈世宏呼籲國光石化公司研究採行替代方案的可能性。沈世宏所稱的替代方案包括工業區應外移至退潮時水深10公尺以外、縮小開發規模等。沈世宏認為，這或許可以減少外界對國光石化破壞環境的疑慮。對於廠區往外海移動的建議，國光石化公司董事長陳寶郎與總經理曹明都表示，國光石化廠址往外海更深的10公尺水域，完全不可行。他們認為，除了工程費將大幅增加，不符合投資效益，民股股東不可能同意外，技術可行性也有問題。曹明表示，廠區外移，需要的土方量高達6億多立方米，比原先的1億9,800萬立方米多出很多，砂源有問題，而且也會發生類似日本關西機場的「不均勻沉陷」問題。曹明指出，不均勻沉陷會造成石化廠管線容易斷裂，對工安反而不好。

        調整國光石化計畫內容、縮小投資規模，似乎成了箭在弦上的替代方案。

        2010年12月9日，經濟部長施顏祥在監察院財政及經濟委員會前往經濟部巡察時，坦言國光石化計畫要按照原版本通過的機率不大。

        2010年12月30日，中油公司董事長朱少華在立法院答詢時確認，將在近日提交「縮小版」的開發計畫給環保署。朱少華指出，「縮小版」的開發計畫將縮減大部分的第二期工程，總投資金額將由原本的9,336億元，縮減到約6,200億元。朱少華進一步表示，「縮小版」的開發計畫預計明（2011）年2、3月會有結果。至於那些「等不下去」而揚言撤資的民股股東，還願不願意等待？朱少華說，已經充分溝通，他們願意等。