九二一震災重建基金會成立初期，不接受民間團體或地方各級政府直接提案，所有補助計畫必須依循政府層級，由地方層轉中央部會彙整，送交「計畫審議委員會」審議後，再提報董監事聯席會審查核定。這種拒絕接受民間團體與地方政府直接提案之原則，以及層轉提案之耗時流程，遭致外界許多批評。

        2000年6月19日本會局部改組，除以「用熱情參與重建、以誠意喚回愛心」自我要求外，並化被動為主動地推出「築巢專案」作為投入災後重建之主軸。為兼顧其他面向之需求，落實九二一震災重建基金會「來自民間、支助民間、協助政府」之精神，回應各界要求九二一震災重建基金會開放民間團體直接提案申請經費補助之期待，先經2000年12月20日第一屆第六次董監事聯席會核定通過「九二一災後生活與社區重建123協力專案」，匡列1億2千3百萬元經費，補助民間團體與地方政府協力參與災後重建。再經2001年8月31日經第一屆第十次董監事聯席會同意增加匡列2億元經費。2007年8月31日第三屆第二次董監事聯席會同意後續經費採併決算辦理。

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