九二一震災發生後，行政院衛生署、內政部曾分別函報行政院「全民健康保險被保險人無力繳納相關費用認定辦法（草案）」與「因應九二一震災農民健康保險因應措施」，建議政府另行籌措財源補助九二一受災全民健康保險被保險人與農民健康保險被保險人應負擔之保險費。當時，政府考量此舉不僅將大幅增加政府支出，加上農民健康保險費係由被保險人依「農民健康保險條例」規定繳納，一旦農民健康保險被保險人應負擔之保險費可以免繳，勢必造成公務人員與勞工等援引比照辦理。於是，行政院原則同意衛生署與內政部對九二一受災之全民健康保險被保險人與農民健康保險被保險人應負擔之保險費予以補助，但有關補助經費來源，則由衛生署、內政部自行協調由各界所捐募之九二一震災款項支應（2000年4月後，政府自行編列預算補助被保險人之保費）。

        在行政院「原則同意」、「經費自行協調」下，中央健康保險局、勞工保險局與中央信託局公務人員保險處於1999年12月初，分別提出「災區受災保險對象全民健康保險自付保險費補助計畫」、「災區勞工保險被保險人自付保險費補助計畫」、「受災農民健康保險被保險人自付保險費補助計畫」、「災區公教人員保險被保險人自付保險費補助計畫」向財團法人九二一震災重建基金會申請經費，補助九二一災區受災保險對象全民健康保險、勞工保險、農民保險、公教人員保險被保險人自1999年10月至2000年3月，為期六個月之自付保險費部分。

        中央健康保險局、勞工保險局與中央信託局公務人員保險處等所提出之「災區受災保險對象全民健康保險自付保險費補助計畫」等四項補助計畫，經1999年12月17日第一屆第二次董監事聯席會核定通過，共匡列1,092,848,945元。其中，「災區受災保險對象全民健康保險自付保險費補助計畫」724,515,310元，「災區勞工保險被保險人自付保險費補助計畫」276,569,568元、「受災農民健康保險被保險人自付保險費補助計畫」63,036,067元、「災區公教人員保險被保險人自付保險費補助計畫」28,728,000元。

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