民國88年9月27日行政院成立九二一重建會，蕭院長萬長擔任主任委員、劉副院長兆玄擔任副主任委員兼執行長，並設置江主任委員丙坤、趙主席守博、陳總司令鎮湘等3位副執行長及13個工作小組，9月28日於臺中市警察局設置單一窗口的中部辦公室，轄下由軍方成立國防部災後重建協調支援中心，並指定陸軍總部於臺中大里天山營區成立國軍災後重建指揮部，統一調派指揮災區三軍兵力，相關部會首長及參謀總長為委員，相關縣市長及鄉鎮長亦參與工作小組，迄至89年1月12日，總計召開49次工作會報。

        89年5月20日政黨輪替，行政院立即進行九二一重建會組織之重組，由黃政務委員榮村擔任改組後首任九二一重建會執行長，行政院院長及副院長擔任召集人與副召集人，相關部會首長、災區地方政府與民間團體成員出任委員，下設有7處，分別為企劃、公共建設、產業振興、生活重建、住宅及社區、大地工程及行政等處，另設巡迴輔導小組及民眾服務中心；其後配合重建需要，組織曾多次局部調整，直至95年2月4日暫行條例實施期滿，九二一重建會也隨之結束，但仍遺留一些工作未完成，例如社區重建更新基金帳目清理、九二一震災災後重建實錄編印、檔案移交、辦公室財產處理等事項必須繼續處理，乃成立「行政院九二一震災社區重建更新基金清理小組」繼續運作，人員只留14人，至95年12月31日止。